フリーズドライで古代ウイルス濃縮

南極をボーリングで調査し、地下深くの氷を採取したりしています。この中には、近代人が接触したことのないバクテリアやウイルスが存在している可能性意があります。今、コロナウイルス では中国の野生動物からの感染拡大が論じられていますが、南極観測隊もそういった危険に遭遇する可能性があります。インカ帝国も侵略されて滅んだのではなく、他民族が持つ病原性ウイルスによって滅亡したと言われています。戦力で負けたのではなく、病原体に負けたとの学説です。古代エジプトのミイラにも、現在人があったとこがないウイルスが存在する可能性がありますが、ウイルスは不活性化され、遺伝子だけが残っているかもしれません。RNAウイルスは人の体細胞内で逆転写酵素によって一旦DNAに変換されて増殖します。なので、細胞内にウイルス由来のDNAがあれば、今でも検出できる可能性がありますが、RNAは分解されやすく、古代のウイルスRNAを取得するのは困難です。

しかし、永久凍土の中には生きたままのウイルスが存在する可能性があります。ウイルスは生き物ではなく、単なる自己複製能がある物質なので、生きたまま存在できます。バクテリアも一部は、氷の中で長期間安定に存在できます。したがって、永久凍土が流れでたり、採取したりすると、その中には生きた微生物が存在しているかもしれません。注意が必要です。永久凍土のなかで、単純に古代の氷であっても、その中に微生物が存在するはずです。こうした時、採取した氷を水蒸気やガスだけ通す袋にいれてフリーズドライすると、乾燥後には袋の中に微生物などが残ります。こうやって、永久凍土が氷であれば、微生物を濃縮して研究することができます。まずはRNAやDNA精製キットでこれらを精製すると、RNAやDNAだけ取得できます。RNAは逆転写してDNAにしてら、あとはこれらのDNAはphi29 DNAポリメラーゼなどで増幅可能となり、次世代シーケンサー(NGS])などで包括的に塩基配列を読みます。

次世代シーケンサーによる分析がお安くなった昨今、こういった研究はいかがですか?笑

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